新規登録時にメールアドレスを、会社アドレスではなく、個人メールアドレスとした場合、問題はありますか？

会社アドレスと個人アドレスを二重で登録することは問題ございません。どちらでログインしても同じ情報が表示されるはずです。
今の状態のまま会社アドレスをパスワード再設定から有効にしていただければと思います。
どうしても個人アドレスを削除したい場合はお問い合わせください。